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浙江大学等发表《Nature Biotechnology》文章

来源:生物通 作者: 2006-12-21
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摘要: 来自美食品药物管理局(USFoodandDrugAdministration,FDA)国家毒物学研究中心(NationalCenterforToxicologicalResearch),浙江大学药物信息学研究所,联合安捷伦科技公司(AgilentTechnologies),GE通用电气医疗集团(GEHealthcare),Z-Tech有限公司,昂飞公司(Affymetrix,Inc。),以及AppliedBiosystems(ABI)......


        来自美食品药物管理局(US  Food  and  Drug  Administration,FDA)国家毒物学研究中心(National  Center  for  Toxicological  Research),浙江大学药物信息学研究所,联合安捷伦科技公司(Agilent  Technologies),GE通用电气医疗集团(GE  Healthcare),Z-Tech有限公司,昂飞公司(Affymetrix,  Inc.),以及Applied  Biosystems(ABI)等处的研究人员外源RNA对照(external  RNA  controls,ERC)行为和效用进行了多平台的评估,为更好的描述未来多平台分析性能(assay  performance)评估中ERC的使用提供了一个基础。这一研究成果公布在《Nature》杂志子刊《Nature-Biotechnology》上。

        参予这一研究的浙江大学代表是药物信息学研究所的范骁辉(Xiaohui  Fan)研究员,领导这一实验的是来自FDA的石乐明(Leming  Shi,音译,毕业于湖南大学,中国科技大学获得硕士学位,中科院化学所获得博士学位),并且在同期《Nature-Biotechnology》的MAQC专题中,另外两篇由他领导完成的实验结果也围绕这一方面展开了描述,其中有关MicroArray  Quality  Control  (MAQC)项目的研究文章值得一看,涉及到的参予单位达51所,是一项国际化的研究进展。

链接:

  Nature  Biotechnology  -  24,  1132  -  1139  (2006)  

  Published  online:  9  August  2006;  |  doi:10.1038/nbt1237  

  Evaluation  of  external  RNA  controls  for  the  assessment  of  microarray  performance



  Nature  Biotechnology  -  24,  1151  -  1161  (2006)  

  Published  online:  8  September  2006;  |  doi:10.1038/nbt1239  

  The  MicroArray  Quality  Control  (MAQC)  project  shows  inter-  and  intraplatform  reproducibility  of  gene  expression  measurements



  Nature  Biotechnology  -  24,  1162  -  1169  (2006)  

  Published  online:  8  September  2006;  |  doi:10.1038/nbt1238  

  Rat  toxicogenomic  study  reveals  analytical  consistency  across  microarray  platforms



        在过去的十年里,芯片技术已经在基因表达研究中起到了举足轻重的作用,带来了深广的影响。但是随着利用不同芯片平台获得相异甚至大相径庭的结果逐渐增多,许多人产生了对这一技术可靠性的质疑争论。芯片质量控制(MicroArray  Quality  Control,MAQC)计划因而得以诞生,作为一个标准将对相关数据分析和争论进行评定。

        外源RNA对照(External  RNA  controls,ERCs)是MAQC的一个重要部分,对于芯片分析性能测评也是非常重要的一个指标,但是在各研究团体中并未能得到充分利用。在这一研究报告中,研究人员对两类ERCs进行了评估:其中一类在样品扩增和标记之间加入到总RNA中,另外一类怎是在杂交之前加入到copyRNAs  (cRNAs)中,通过多商业芯片平台(multiple  commercial  microarray  platforms获得了ERC浓度反应曲线(concentration-response  curves),辨认出在分析过程中出现问题的分析以及潜在的变量来源,除此之外研究人员也对不同的ERC类型的行为进行了检测。这些ERC评估将为未来的多平台分析性能评估中ERC的更好使用提供了一个基础。

                        (生物通:张迪)

附:

Dr.  Leming  Shi

CURRENT  EMPLOYMENT

  Computational  Chemist,  NCTR/FDA,  April  2003  –  Present

  Responsibilities:  Microarray  quality  control,  chemoinformatics,  bioinformatics,  and  systems  toxicology

EDUCATION

·  Ph.D.  in  Computational  Chemistry  (1991),  Chinese  Academy  of  Sciences,  Beijing,  China.  

·  M.Sc.  in  Computational  Chemistry  and  Chemometrics  (1988),  University  of  Science  and  Technology  of  China,  Hefei,  China.

·  B.Sc.  in  Analytical  Chemistry  (1985),  Hunan  University,  Changsha,  China.  

EMPLOYMENT  HISTORY

·  Chipscreen  Biosciences,  Ltd.,  Shenzhen,  China.  Co-founder  and  Director  of  Informatics  (5/2001-4/2003).  

·  BASF  Corp,  Princeton,  New  Jersey.  Senior  Scientist  (7/2000-5/2001).  

·  American  Home  Products  Corp.  (now  Wyeth),  Princeton,  New  Jersey.  Senior  Research  Chemist  (8/1999-6/2000).

·  R.O.W.  Sciences,  Inc.  at  the  NCTR/FDA,  Jefferson,  Arkansas.  Computational  Chemist  (12/1997-8/1999).

·  National  Cancer  Institute,  NIH,  Bethesda,  Maryland.  Visiting  Fellow  (9/1995-12/1997).

·  Case  Western  Reserve  University,  Department  of  Chemistry,  Cleveland,  Ohio.  Research  Associate  (8/1994-9/1995).

·  Chinese  Academy  of  Sciences,  Institute  of  Process  Engineering,  Beijing,  China.  Assistant  and  Associate  Research  Professor  (7/1991-8/1994).

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