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罗克明等发现调控杨树抗病性关键转录因子

从中科院西北高原生物研究所获悉,该所研究员罗克明等人与其他单位合作,得到了可显著提高杨树对溃疡病抗性的PtrWRKY89转录因子。该成果近日在线发表于《实验植物学杂志》。

据介绍,WRKY转录因子是一类广泛存在于植物中的转录因子家族,其广泛参与了植物胁迫反应、木质素形成、种子萌发等各种生理过程,尤其是在植物抵抗病原微生物侵害的过程中扮演了重要角色。WRKY转录因子不仅可激活植物抗毒素和细菌水解酶类等基因的表达,还参与调控植物中抗病信号分子如水杨酸、茉莉酸的合成。目前,只有少量文献报道了某些WRKY转录因子可改变杨树对病原菌的抗性,但具体调控机理尚不知晓。而搞清杨树中WRKY转录因子在抗病途径中的调控网络,对于将来通过基因工程方法筛选获得杨树抗病良种至关重要。

该研究通过杨树全基因组分析发现,毛果杨基因组存在至少100个WRKY基因。研究小组对100个杨树WRKY成员进行了系统发育分析,发现杨树WRKY转录因子家族广泛参与了杨树抗病抗逆的生理过程。研究小组筛选得到了PtrWRKY89转录因子,证明了其在抗病途径中扮演的角色,并为找到其靶基因提供了线索。

日期:2015年1月13日 - 来自[技术要闻]栏目
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腐植酸:生态土壤的美丽因子


土壤生态环境是神圣又神秘的,也是奥妙的、变化无穷的,自其形成,便占据了重要位置,影响和支配着大自然的运动。

土壤生态环境是经济社会发展的重要基础资源,它为人类社会发展提供着丰富的物质资源,储存着大量的二氧化碳,调节着气候,使人类有足够的食物、生活资料以及源源不断的新鲜空气,维系着整个生态世界的可持续和谐发展。

然而,随着近代工业文明的发展,人类向大自然过度索取,土壤生态环境到了不可持续发展的程度。我们必须清醒地认识并彻底改变这种现状。

土壤生态环境退化是土壤生态环境遭到了污染、侵蚀和不科学的利用,整个循环系统遭到了损伤或毁坏,有的已经损伤了元气。土壤自身内在固有的健康因子没有能量产生修复补偿和持续良性循环的功能,这个能力因子的核心就是土壤生物有机质及其转化的土壤腐殖质(HS)。

土壤生态环境恶化

据联合国环境规化署和世界各国的多项报告显示,全球土壤生态环境状况都不大乐观。主要是土壤有机碳含量的减少,吸碳固碳能力减弱,肥沃程度下降,土壤活性差,土地生物多样性急剧减少,应对气候变化和各种自然灾害能力差。不可持续地使用土地,造成土壤环境恶化,生物多样性大量丧失,受到影响的土地约占全球总土地面积的23%。

2014年4月17日发布的全国土壤污染状况的调查公报显示,我国土壤环境状况总体不容乐观,部分地区土壤污染较重,耕地土壤环境质量堪忧,重污染企业用地、工业废弃地、工业园区、固体废物集中处理处置场地、采油区、采矿区、污水灌溉区及干线公路两侧,都是污染重灾区。南方土壤污染重于北方,西南、中南地区土壤重金属超标范围较大,全国土壤总点位超标率为16.1%,耕地土壤点位超标率为19.4%。表层土壤中无机污染物含量增加较显著,其中镉含量在全国范围内普遍增加。

我国也是世界上受沙化危害最严重的国家之一。数据显示,2009年全国沙化土地面积达173.11万平方公里,占国土面积18.03%。还有31.1万平方公里土地具有明显沙化趋势,局部地区沙化土地仍在扩展。

我国湿地生态环境状况也不容乐观,除了面积有所减少,功能也有所减退,好的只占15%,中等的约占一半,差的占32%。

我国耕地质量总体不高,根据国土部完成的全国农用地分等级结果,优等地仅占耕地总面积的2.7%,高等地占30%,中、低等地占67.3%。耕地的土壤有机质有机碳结构是耕地基础地力质量基因的直接标志。

据农业部数据显示,中国土壤肥力低下,2001年至2011年间,我国基础地力贡献率仅为51.1%,土壤有机质含量低于1%的面积达26%,农业难以利用的土壤面积占到1/4,已经成为增产潜力发挥的重要限制因素之一。

此外,不合理的使用化肥,致使氮肥残留土壤数十年,污染土地面源和地下水,而且土壤有机质长期得不到补充。每年,10数亿吨有着丰富营养元素的生物质初级有机碳被放火烧掉或者当作燃料烧掉,毁坏了自然界万物赖以生存的丰富营养元素物质,其中有些营养元素还是人工不能够合成的。燃烧还产生大量雾霾和许多毒素更大的复合化学污染物, 毒害万物生灵。这使得土壤失去了腐殖质的基因源泉及构成土壤核心活性组分的腐植酸因子,造成土壤有机质含量低、物理活性下降、生物多样性减少和吸碳固碳与碳循环能力减弱,土壤环境的良性循环受到影响。

有研究表明,气候变化可导致土壤中植物生长所需要的营养元素养分失衡,二氧化碳排放使农作物减少养分,产量和品质下降。对此,许多专家学者呼吁,对于每年产生的作物秸秆和森林残落物等宝贵生物质,不燃烧行吗?!

改善土壤生态环境刻不容缓

造成现今土壤生态环境的因素是复杂多样的,也是多年渐进累积叠加形成的。

自打工业革命开展以来,人们就打破了亿万年自然形成的生态平衡。人类为了加速自身的发展,无节制地、过量地向大自然索取,无序无限地进行争夺,这就更加剧了土壤生态环境的退化和恶化,影响着土壤生态系统的可持续良性循环发展,乃至影响到整个宇宙空间气候变化。

研究人员发现,农田大量施用合成氮肥,30年后,约15%仍残留在土壤的有机物之中。在此期间,约10%的氮肥已从土壤向地下水渗透,并且还将持续保持至少50年的低量渗透,污染地下水。种植业和养殖业过度和滥用农药及抗生素,形成的残留,也长时间地造成污染。

一份研究报告称,我国地表水中含有68种抗生素,另有90种非抗生素类医药成分被检出。人们形象地称,喝水如吃药。

工矿企业生产经营活动中排放的废水、废气、废渣是造成其周边土壤污染的主要原因。特别是尾矿渣、危险废物等各类固体废物等,导致其周边土壤污染。汽车尾气排放导致交通干线两侧土壤铅、锌等重金属和多环芳烃污染。

此外,无法降解的塑料地膜大量残留在地里,使耕地环境上下通透阻断,天地之间无法正常循环交换。被称为“地球之肾”,养育水源、净化淡水、保存生物多样性的沼泽湿地逐渐减少,加上重金属污染,土壤中原有的真菌、微生物种群急剧减少,起不到抑制有害生物的作用。而农药的大量施用,使得有的害虫产生了抗药性,并继续繁殖扩大。凡此种种,造成土壤环境退化,地力下降,活力不在。

严竣的土壤生态环境给人们敲响了警钟,特别是人类社会高速发展的今天,要求提供可持续发展的自然物质资源和和谐友好环境条件、干净清新的空气、洁净的水和无污染强有力的肥沃土壤。而现在这一切似乎距人们的要求相去甚远。

要修复已受到污染和过度索取造成的土壤生态环境恶化、地力下降,首要的是扼制造成土壤生态环境恶化的种种因素,唤醒人们的生态意识,从现在做起,从自我做起,为实现美丽中国的伟大复兴梦,而终止一切对生态环境有影响的行为活动,并且,国家从立法上和管理上附诸实施。人们在一切社会经济活动中都要以科学发展观为指导,遵循大自然生态发展规律,先给予后索取,再不要干那些竭泽而渔、杀鸡取卵的事。积极着力进行土壤生态环境的修复治理补偿,争取用最短的时间、最快的速度、最好的效果,实现以恢复地力为核心、生机勃勃的土壤生态环境。

土壤生态环境的核心是土壤维权

土壤腐殖质的含量高低决定着整个土壤的肥沃强壮程度、生物种群多样性多少、理化活性强弱、储碳固碳调节能力、蓄水能力,地层温度,以及在光合作用下产生多少生物质能。这些就是它在大自然生态系统持续循环活力的正能量所在。

环境学家认为,地球上土壤腐殖质(HS) 约4万亿吨,是土壤的重要组成部分,而其中的腐植酸(HA) 是最活跃的部分,不仅对土壤的形成、性质和肥力起着关键作用,而且是维系土壤生命的储碳库和生物圈的保护者,是HS基因的因子。

生物有机质经过地球物理化学的长期自然降解,将其基因转化为丰富的生物质能因子,融为地能(土壤地力活力),长久地循环往复,焕发着大自然生机,被誉为土壤的活性剂、润滑剂、活力剂、植物营养仓库、土壤的核心生产力,国际上称作动力基因。土壤肥沃终极构效的内核是由腐殖质发育形成腐植酸的生物活性活化因子。它既是生物质能转化的结果,又是它向更高级阶段转化发展的开始。腐植酸这个生物质活化因子,是土壤系统中的核心要素,掌控着土壤生态环境的总开关,是维系土壤生命力,控制土壤环境的重要因子。

在地球四大碳库中,腐植酸占67%,是陆地植被碳的4倍多,大气CO2的3倍多。据估计,全球每年有600亿吨的植物残落物作为初级碳的物质进入土壤,其中75%进入腐殖化阶段,也有相应腐植酸分解,使地球表面保持2.4万亿吨腐植酸碳的储量。假如土壤腐植酸多分解10%,大气中的CO2浓度就会增加30%,将会导致灾难性后果。可见,在应对全球气候变化,保护土壤生态环境过程中,腐植酸的优质有机质必将是恢复土壤生机活力,治理土壤污染,全面改善土壤生态环境的核心资源,维护了它就是维护了土壤生态环境的整体安全。

我国是腐植酸资源大国,有着丰富的含腐植酸的风化煤、褐煤、泥炭、草炭。据世界煤炭储量和国际泥炭会议资料显示,我国煤炭腐植酸资源储量分别为风化煤约1000亿吨,褐煤约1265亿吨,泥煤约125亿吨,分别占到世界总储量的9.3%、4.79%和4.82%。每年还有十几亿吨可再生的农作物秸秆和副产物,用生物技术可直接制取腐植酸,或还于土壤,进入地球物理化学过程自然降解为腐殖质,再转化为腐植酸,共同作用于固碳储碳,减少碳排放,使温室效应得到控制,使生态环境得到修复和改善。

2013年7月24日我国启动的生态红线保护行动,划定林地和森林、湿地、荒漠植被、物种四条红线,要求全国林地面积不低于46.8亿亩,森林面积不低于37.4亿亩,森林积蓄量不低于200亿立方米,湿地面积不少于8亿亩,治理宜林宜草沙化土地恢复荒漠植被不少于53万平方公里,再加上18亿亩耕地的红线,40.19亿亩草地的红线。生态红线是保障和维护国土生态安全,人居环境安全,生物多样性安全的生态用地和物种数量低线。

目前,我国处在生态安全线以下,生态赤字大,欠账多,生态问题十分突出,生态脆弱地区总面积已达国土面积的60%以上,生态状况远不能满足经济社会持续发展的需要和人民建成美丽中国的企盼。这些领域要想从根本上得到改善并逐年从本源得以恢复,唯有大量补充绿色天然腐殖质,逐年累积叠加,补充量超过消耗量,坚持不懈,使整个国土生态环境处于良性循环状态之中,大自然就会回归到它正常的自身发展轨道,释放出对人类美好和谐恩赐的正能量。

日期:2015年1月7日 - 来自[技术要闻]栏目

Cell:转录因子决定肿瘤干细胞的命运


胶质母细胞瘤(Glioblastoma)是一种致命的脑瘤,其侵袭性和对治疗的抗性来自于一小群肿瘤细胞,这些细胞被称为胶质母细胞瘤干细胞。现在麻省总医院MGH的研究人员发现,有四种转录因子的活性可以帮助人们鉴别这些肿瘤干细胞,文章于四月十日提前发表在Cell杂志的网站上。

转录因子是调控其它基因表达的蛋白,这项研究再次展现了这种调控对于癌症病理的重要性,为未来的癌症治疗提供了新的靶标。

“胶质母细胞瘤干细胞是一种高度侵袭性的癌细胞亚群,现在我们鉴定了这些细胞的‘控制开关’,”文章的共同第一作者Mario Suvà博士说。“这一发现有助于人们进一步理解这些侵袭性细胞的形成,为消灭这些肿瘤干细胞提供了另一条途径。在此基础上,人们有望扭转这种致命脑瘤的发展进程。”

正常的生物发育遵循着一个分阶段的有序进程,从能够分化为几乎所有细胞类型的干细胞,到产生特定细胞和组织类型的祖细胞,再到完全分化的细胞。这一过程通常是单向进行的,不过人们已经能够通过诱导关键的转录因子,将已分化细胞重编程成为类似干细胞的状态。而这一技术获得了2012年的诺贝尔奖。

机体内始终存在着小部分拥有有限发育潜能的成体干细胞,它们负责修复损伤、替代老化的细胞和组织。现在越来越多的证据表明,一小群癌症干细胞是许多恶性肿瘤生长失控的原因,这其中就包括胶质母细胞瘤。

此前曾有一些研究通过细胞表面标志物(肿瘤细胞外膜上的蛋白)来鉴别胶质母细胞瘤干细胞。不过这些标志物一直存在着争议,也无法反映肿瘤细胞内部发生的分子过程。而这项新研究旨在区分胶质母细胞瘤中的不同细胞亚群,并在此基础上找出潜在的新治疗靶标。

研究人员首先通过一系列体外实验,鉴定了19个转录因子。这些转录因子在人类胶质母细胞瘤干细胞中的表达水平,显著高于其他更为分化的肿瘤细胞。随后,研究人员对这些因子逐个进行测试,检测它们将已分化肿瘤细胞诱导回干细胞状态的能力。最终他们确定了四种关键的转录因子,POU3F2、SOX2、SALL2和OLIG2。研究显示,在体外培养的细胞和动物模型中,这些转录因子都能将已分化的肿瘤细胞重编程为胶质母细胞瘤干细胞。

研究人员指出,在人类胶质母细胞瘤2-7%的细胞中,上述四个转录因子及其相应的调控元件(与转录因子结合的DNA片段)都处于活跃状态。这些细胞还同时表达有另一个已知的干细胞标志。此外,以四个转录因子之一作为靶标,可以使胶质母细胞瘤干细胞丧失干细胞特性并走向死亡。

“癌细胞的侵袭性有多种原因,”文章的资深作者Bradley Bernstein说。“我们知道,同样的基因组可以塑造多种不同的细胞类型。同样,一个肿瘤之中也含有不同的细胞亚群:肿瘤干细胞和更为分化的肿瘤细胞。鉴定那些促使肿瘤细胞亚群形成的因子,可以帮助人们更好的处理一些极其难治的肿瘤。”

日期:2014年12月31日 - 来自[克隆与干细胞研究]栏目
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抗凝药XI因子抑制剂预防静脉血栓形成安全有效

    近日,一项II期试验发现,一个新型的抗凝药物—XI因子抑制剂可有效降低全膝关节置换术后静脉血栓栓塞症的风险,并且不会增加出血风险。
  全膝关节置换术后患者的静脉血栓栓塞症的风险升高,而传统的预防治疗方法包括使用Xa因子抑制剂或凝血酶抑制剂,尽管这类药物很有效,但患者的出血风险也相应升高。
  外科手术后出现静脉血栓栓塞症的发病机制仍不明确,但组织因子暴露于手术部位激活外源性凝血途径被认为是主要的驱动因素,而内源性凝血途径在这一过程中的作用仍不确定。
  实验显示,以凝血因子XI为靶标可以减弱血栓形成而不影响止血。尽管凝血因子XI在人类血栓形成中的作用仍然未知,但有证据表明先天性凝血因子XI缺乏的患者的静脉血栓栓塞风险降低,因而这类患者在严重创伤后容易出现出血。
  第二代反义核苷酸FXI-ASO(ISIS 416858)可特异性地降低人类凝血因子XI信使RNA在肝脏的表达,从而降低凝血因子XI的水平。
  因此,为评估降低凝血因子XI的水平是否可以预防静脉血栓栓塞症而不增加出血风险,来自阿姆斯特丹大学的Harry R. Büller等比较了不同剂量的FXI-ASO与依度沙班对全膝关节置换术后患者静脉血栓栓塞和出血的影响,研究全文发表于近日的《新英格兰医学杂志》。
  该研究为开放标签的平行组研究,参与者为300例接受择期单侧全膝关节置换术的患者,患者随机接受每日一次FXI-ASO(200mg或300mg)或依度沙班(40mg),研究的主要有效性终点为静脉血栓栓塞症的发生率,主要的安全性终点为大出血或临床相关的非大出血。
  研究发现,在手术期间,200-mg FXI-ASO组、 300-mg FXI-ASO组和依度沙班组患者的凝血因子XI水平分别为0.38±0.01单位/mL、0.20±0.01单位/mL 、0.93±0.02单位/mL;三组出现有效性终点的比例分别为6/134人(27%)、3/71人(4%)和21/69人(30%);出血比例分别为3%、3%、8%。
  比较分析后发现,200mg的FXI-ASO不劣于依度沙班,300mg的FXI-ASO由于依度沙班(P<0.001)。
  研究者认为,降低凝血因子XI水平不仅可有效降低预防全膝关节置换术后静脉血栓栓塞症的风险,并且不会增加出血的风险。(丁香园)

日期:2014年12月15日 - 来自[药学研究]栏目

新型抗凝药:XI 因子抑制剂预防静脉血栓形成安全有效

近日,一项 II 期试验发现,一个新型的抗凝药物—XI 因子抑制剂可有效降低全膝关节置换术后静脉血栓栓塞症的风险,并且不会增加出血风险。

全膝关节置换术后患者的静脉血栓栓塞症的风险升高,而传统的预防治疗方法包括使用 Xa 因子抑制剂或凝血酶抑制剂,尽管这类药物很有效,但患者的出血风险也相应升高。

外科手术后出现静脉血栓栓塞症的发病机制仍不明确,但组织因子暴露于手术部位激活外源性凝血途径被认为是主要的驱动因素,而内源性凝血途径在这一过程中的作用仍不确定。

实验显示,以凝血因子 XI 为靶标可以减弱血栓形成而不影响止血。尽管凝血因子 XI 在人类血栓形成中的作用仍然未知,但有证据表明先天性凝血因子 XI 缺乏的患者的静脉血栓栓塞风险降低,因而这类患者在严重创伤后容易出现出血。

第二代反义核苷酸 FXI-ASO(ISIS 416858)可特异性地降低人类凝血因子 XI 信使 RNA 在肝脏的表达,从而降低凝血因子 XI 的水平。

因此,为评估降低凝血因子 XI 的水平是否可以预防静脉血栓栓塞症而不增加出血风险,来自阿姆斯特丹大学的 Harry R. Büller 等比较了不同剂量的 FXI-ASO 与依度沙班对全膝关节置换术后患者静脉血栓栓塞和出血的影响,研究全文发表于近日的《新英格兰医学杂志》。

该研究为开放标签的平行组研究,参与者为 300 例接受择期单侧全膝关节置换术的患者,患者随机接受每日一次 FXI-ASO(200mg 或 300mg)或依度沙班(40mg),研究的主要有效性终点为静脉血栓栓塞症的发生率,主要的安全性终点为大出血或临床相关的非大出血。

研究发现,在手术期间,200-mg FXI-ASO 组、 300-mg FXI-ASO 组和依度沙班组患者的凝血因子 XI 水平分别为 0.38±0.01 单位 /mL、0.20±0.01 单位 /mL 、0.93±0.02 单位 /mL;三组出现有效性终点的比例分别为 6/134 人(27%)、3/71 人(4%)和 21/69 人(30%);出血比例分别为 3%、3%、8%。

比较分析后发现,200mg 的 FXI-ASO 不劣于依度沙班,300mg 的 FXI-ASO 由于依度沙班(P<0.001)。

研究者认为,降低凝血因子 XI 水平不仅可有效降低预防全膝关节置换术后静脉血栓栓塞症的风险,并且不会增加出血的风险。

日期:2014年12月15日 - 来自[药学研究]栏目
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保持干细胞本性有一关键因子

  干细胞是细胞界“永远的少女”。人们认为它会一直保持静止状态,直到有某种信号迫使它分裂,产生差异而形成高度特化的细胞。理论上它们能发育成任何类型的成熟细胞,因而在组织与器官再生领域有着光明前景,但人们还需要更充分地掌握干细胞生理学。

  据物理学家组织网9月25日报道,纽约大学朗格尼医学中心一项最新研究表明,一种与许多癌症有关的蛋白质BRD4,在保持干细胞“年幼多能”状态中起着关键作用。相关论文在线发表于最近的《细胞·报告》上。

  干细胞因子BRD4与许多癌症有关,也是目前临床试验中可预期的治疗标靶。朗格尼医学中心病理学副教授伊娃·赫尔南多-蒙杰研究小组在2013年发现,黑色素瘤细胞中会表达过多的BRD4以助其增殖,抑制BRD4会让它们生长明显放慢。这种蛋白质能让癌细胞保持相对不成熟的类干细胞状态,在一定程度上驱动了癌症。因此,研究人员想找出这种蛋白质在真正的干细胞中起了什么作用。

  他们与纽约西奈山伊坎医学院周明明(音译)小组合作,开发出一种BRD4阻断化合物,用在新研究中抑制小鼠和人类胚胎干细胞中BRD4的活性,他们还用特殊的RNA分子阻断BRD4基因转录,观察干细胞是怎样改变自身特性的。结果发现当干细胞分裂时,开始显出年轻神经元的特征。

  BRD4能绑定到基因组中一种叫做“超级增强子”的特殊位点上调节基因活性,这些位点被认为是顶级控制器,为多种基因编制不同的表达模式,合在一起确定细胞类型。

  “我们发现BRD4占据了超级增强子的基因位置,这对干细胞保持其本身特性是非常重要的。”朗格尼医学中心博士后拉菲拉·迪米可说,当他们用BRD4抑制剂时,这些基因,包括OCT4和PRDM14的表达数量急剧下降。“OCT4也能抑制神经元分化,所以我们认为,BRD4抑制剂造成的OCT4减少是诱导干细胞出现神经元特征的最可能原因。”

  OCT4也是标准“OKSM”混合剂的4个因子之一,OKSM可用于将普通细胞转变为诱导多能干细胞(iPSc)。而新研究结果表明,BRD4甚至能在更高调控级别上增强干细胞特性。

  “我们的发现更好地理解了调节干细胞状态的复杂系统。”赫尔南多-蒙杰说,“理论上,我们能用BRD4代替OKSM混合剂中的一个或几个因子,也能加入混合剂中提高重编程效率,这正是我们目前所研究的。”反过来,还可以用BRD4抑制剂辅助编程,让细胞向另一个方向发展,比如将干细胞变成婴儿神经元,将来有一天或能用于再生疗法。

日期:2014年9月30日 - 来自[克隆与干细胞研究]栏目

美发现保持干细胞本性有关键作用的蛋白质因子

    干细胞是细胞界“永远的少女”。人们认为它会一直保持静止状态,直到有某种信号迫使它分裂,产生差异而形成高度特化的细胞。理论上它们能发育成任何类型的成熟细胞,因而在组织与器官再生领域有着光明前景,但人们还需要更充分地掌握干细胞生理学。
    据物理学家组织网9月25日报道,纽约大学朗格尼医学中心一项最新研究表明,一种与许多癌症有关的蛋白质BRD4,在保持干细胞“年幼多能”状态中起着关键作用。相关论文在线发表于最近的《细胞·报告》上。
    干细胞因子BRD4与许多癌症有关,也是目前临床试验中可预期的治疗标靶。朗格尼医学中心病理学副教授伊娃·赫尔南多-蒙杰研究小组在2013年发现,黑色素瘤细胞中会表达过多的BRD4以助其增殖,抑制BRD4会让它们生长明显放慢。这种蛋白质能让癌细胞保持相对不成熟的类干细胞状态,在一定程度上驱动了癌症。因此,研究人员想找出这种蛋白质在真正的干细胞中起了什么作用。
    他们与纽约西奈山伊坎医学院周明明(音译)小组合作,开发出一种BRD4阻断化合物,用在新研究中抑制小鼠和人类胚胎干细胞中BRD4的活性,他们还用特殊的RNA分子阻断BRD4基因转录,观察干细胞是怎样改变自身特性的。结果发现当干细胞分裂时,开始显出年轻神经元的特征。
    BRD4能绑定到基因组中一种叫做“超级增强子”的特殊位点上调节基因活性,这些位点被认为是顶级控制器,为多种基因编制不同的表达模式,合在一起确定细胞类型。
    “我们发现BRD4占据了超级增强子的基因位置,这对干细胞保持其本身特性是非常重要的。”朗格尼医学中心博士后拉菲拉·迪米可说,当他们用BRD4抑制剂时,这些基因,包括OCT4和PRDM14的表达数量急剧下降。“OCT4也能抑制神经元分化,所以我们认为,BRD4抑制剂造成的OCT4减少是诱导干细胞出现神经元特征的最可能原因。”
    OCT4也是标准“OKSM”混合剂的4个因子之一,OKSM可用于将普通细胞转变为诱导多能干细胞(iPSc)。而新研究结果表明,BRD4甚至能在更高调控级别上增强干细胞特性。
    “我们的发现更好地理解了调节干细胞状态的复杂系统。”赫尔南多-蒙杰说,“理论上,我们能用BRD4代替OKSM混合剂中的一个或几个因子,也能加入混合剂中提高重编程效率,这正是我们目前所研究的。”反过来,还可以用BRD4抑制剂辅助编程,让细胞向另一个方向发展,比如将干细胞变成婴儿神经元,将来有一天或能用于再生疗法。(中国科技网-科技日报)

日期:2014年9月28日 - 来自[克隆与干细胞研究]栏目
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影响因子被严重误用 科学界改革评价标准

科学界中被误用最严重的评价标准正在经历一次变革,尽管很多研究人员更希望它完全消失。

信息公司汤森路透表示,自己在影响因子计算上将变得更加透明。近日,该公司发布了超过1.09万本科技期刊的年度排名以及被该名单拒绝的39本期刊名称。

同时,这家总部位于美国纽约的公司正在改进其商业分析产品——Incites数据库,以增加基于单篇文章的评价指标,并允许用户自行计算。不过,批评者认为当前需要更多的改变。

在发明之初,影响因子主要用来帮助图书馆决定购买哪本期刊。一般而言,一本期刊的影响因子越高,被引用的次数就越多。然而,它已经演变成为判断研究人员及其论文质量的一个重要标准。这激怒了很多科学家,因为他们认为自己的成果变成由发表在哪儿而不是发表了什么来评判。

位于马里兰州贝塞斯达市的美国细胞生物学学会执行董事Stefano Bertuzzi表示,这样导致的结果便是科学家竞相“投靠”高影响因子期刊,而几乎每个人都对这种情形表示不满。

汤森路透表示,问题在于影响因子如何被使用,而不在评价标准本身。不过,即使是图书管理人员和期刊编辑都不认同这种说法,因为在他们看来,该公司并不清楚评价标准是如何计算出来的。“我们不确定它们的数据有多可靠。”位于德国海德堡的EMBO期刊主编Bernd Pulverer表示,他一直在竭尽全力使期刊的表现同汤森路透的评价相匹配。

去年,Bertuzzi组织上百家研究机构和1.1万余位科学家签署了《关于研究评价的旧金山宣言》(DORA)。该声明对影响因子的滥用进行了谴责,并呼吁开发评价科学研究的更好方法。同时,他和Pulverer给汤森路透发送了一份私人信件,要求其改善计算影响因子的方法。不过,他们表示信件从未得到过答复,并因此决定于近日在DORA网站将信件公开。

汤森路透则表示其的确回复过该信件,同时公司正在采取实质性的举措增加期刊影响因子计算的透明度。“例如,付费用户将被允许查看计算中涉及到的每一个条目。”

同时,该公司正在提供针对文章而不只是期刊的引文指标。目前,订阅用户应该可以计算任何系列文章的影响力,并将计数标准化。这是非常重要的,因为一些学科被引用的频率要比其他学科多,所以诸如将生物学文章同数学类文章比较是不公平的。

不过,这是否足以摆脱针对汤森路透的批评?“我们非常欣赏这些新的功能,不过汤森路透把压力转移给了用户。”Bertuzzi表示,这仍旧是个问题,因为研究人员还是更喜欢一个“官方的”数据。他希望公司通过诸如排除综述文章等方式改善其发布的评价指标,因为综述文章比研究论文包含了更多的引用。

汤森路透同时宣布了由于大量自引或从其他期刊文章中“过度引用”而在今年不会获得影响因子的39本期刊,这创下一年中剔除期刊数量之最。

《国际传感器网络杂志》(IJSN)已连续两年被发现存在过度引用行为。汤森路透发现,该期刊被发表于《2013年IEEE消费通信和网络会议论文汇编》中的文章大量引用。其中,论文汇编中有两篇大量引用IJSN的文章,其共同作者中都出现了IJSN主编Yang Xiao的名字。电气与电子工程师协会(IEEE)表示,其正在评估当前状况,如有必要“将采取适当行动”。

Xiao是美国阿拉巴马大学的一位计算机专家,其在去年亲身经历了IJSN因同样行为而被严厉指责的事件。当时,汤森路透发现一篇2011年刊载于《并行与分布式计算杂志》的文章包含了大量引用IJSN的内容。Xiao同样是该文章的共同作者。今年2月,出版商爱思唯尔宣布该文章违反了关于引用操作的政策,并将其撤回。

同汤森路透的声明不谋而合,一群物理学期刊编辑也发起了尝试使其杂志摆脱对影响因子完全依赖的行动,以支持他们基于开放式引文数据库提出的评价方法。

去年,汤森路透拒绝给予《仪表学报》影响因子,因为该杂志被电子工程师Ryszard Romaniuk在线发表于《国际光学工程学会学报》的一系列文章大量互引。几经争论,这本由位于伦敦的英国物理学会和意大利国际高等研究院(SISSA)出版的期刊重新获得影响因子。不过,“这种耽搁已经损害了期刊及其作者声誉,尤其是在处理问题的过程中缺少透明度”。SISSA下属一家非营利公司——SISSA媒体实验室负责人Enrico Balli表示。

与此相反,Balli主导提出了一种被称为Jfactor的平行期刊影响因子。其基于“欧洲空间信息基础设施建设计划”(INSPIRE)收集开放数据,后者是由美国费米实验室、欧洲原子核研究委员会和其他实验室建立的、关于高能物理文章和引文的信息系统。Balli表示,如果物理学期刊采用该评价指标,那么将不再需要汤森路透专有的评价标准。

Bertuzzi则希望,其他类似的评价指标能被广泛应用于评价个人成果。在DORA日前更新的一个网页上,他和合作者正在收集可避免完全依赖影响因子的研究评价方面的良好实践。“我们可以讨论你想要的所有评价指标,但最终真正起作用的还是文章内容。”

日期:2014年9月2日 - 来自[科教新闻]栏目
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