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未经许可在我国境内采集人类遗传资源最高或罚100万

国务院法制办4日就《人类遗传资源管理条例(送审稿)》向社会公开征求意见。根据送审稿,未经许可在我国境内开展人类遗传资源采集、收集等相关活动的单位,或将面临最高100万元罚款。

送审稿强调,生物安全是国家安全的重要组成部分,加强对人类遗传资源的管理是保障国家安全和种族安全的重要措施。未经许可,任何单位和个人不得开展人类遗传资源的采集、收集、国际合作、出境等活动,不得买卖人类遗传资源。

送审稿明确,开展人类遗传资源的采集、收集、国际合作、出境等活动,应当尊重我国国家主权,不得危害我国国家安全和社会安全,不得产生潜在危害;应当坚持惠益分享原则,充分考虑利益相关方的合理诉求;应当平等对待人类遗传资源提供者,尊重和保护其合法权益;应当严格遵守知情同意原则,不得对人类遗传资源提供者使用欺骗、引诱、胁迫等不正当手段。

未经许可在我国境内开展人类遗传资源采集、收集、国际合作活动的单位,将由国务院科学技术行政部门责令其停止违法行为,没收非法采集、收集的人类遗传资源,没收违法所得,并处以20万元以上50万元以下的罚款;情节严重的,处以50万元以上100万元以下罚款,并禁止其在2年内从事人类遗传资源的采集、收集、国际合作、出境等活动;构成犯罪的,将依法追究刑事责任。若未经许可将我国境内的人类遗传资源出境,将由海关依照法律法规的规定进行处理。

有关单位和各界人士可在2016年3月7日前,登录中国政府法制信息网(http://www.chinalaw.gov.cn)的意见征集系统,对送审稿提出意见。

日期:2016年2月6日 - 来自[技术要闻]栏目
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北京基因组所等揭示Y染色体表观信息遗传机制


男性人群Y染色体上DNA甲基化继承性研究(图A. Y染色体单倍型及分化时间信息;图B. 人群Y染色体DNA甲基化水平对比分析;图C. Y染色体DNA甲基化信息继承模式图)

表观遗传学是与传统遗传学相对应的概念。遗传学以基于DNA序列的中心法则来传递遗传信息,在人群中,遗传信息在世代之间稳定遗传,那么表观遗传信息是否像遗传信息一样可被子代继承,尚缺少相关有力证据。DNA甲基化是非常重要的表观遗传信息,是表观遗传学研究的重要内容。目前,鲜少有DNA甲基化在人群中的继承性研究,其难处在于,子代的基因组信息来源于父母双方,其同源染色体间的交换,难以保证表观遗传的差异是否源于不能确定的子代与父代之间的遗传信息的来源一致性,以及进化和分化时间明确样本的选择。

近日,中国科学院北京基因组研究所精准基因组医学重点实验室孙英丽课题组与上海复旦大学生命科学学院合作,就人群 DNA甲基化的遗传继承性进行了深入研究。首次将用于人类学研究的人类Y染色体DNA单倍型类群模型应用于人群表观遗传规律的研究中。Y染色体只能父子相传,所以可以在长时间人类遗传过程中,保持稳定的可追溯的传递性。基于Y染色体遗传变异特性,根据Y染色体上的基因突变点可将人群分为不同的Y染色体单倍型类群,从而绘制人类Y染色体谱系树,用于研究人群在父系关系上的迁徙和发展。

该研究通过Y染色体单倍型模型对分属于12个不同单倍型的72个男性样本的DNA甲基化对比分析发现,Y染色体上的DNA甲基化模式无论在具有三代直系亲属关系的个体间或不同地域的同一单倍体型个体间,还是在不同单倍型个体间,均具有很强的保守性,这些个体间的最长分化时间可长达5万年。在其中两个单倍型样本中,分别发现了样本共有特异性差异甲基化位点,扩大样本研究发现,差异甲基化位点在该单倍型所有样本中均存在,为单倍型特异甲基化位点。为了进一步验证位点甲基化差异产生机制,研究人员进行了DNA序列分析,发现单倍型特异的甲基化差异位点均在序列上发生了突变,是由胞嘧啶的点突变所造成的甲基化水平的差异。这些研究结果显示,在遗传过程中,表观遗传信息与遗传信息是相辅相成的,Y染色体上的DNA甲基化模式是相对保守和稳定的,伴随有DNA序列改变的甲基化改变可稳定遗传给后代,而不与SNP偶联的可能由其他潜在因素所产生的甲基化改变很难遗传给后代。

该项目的主要负责人包括孙英丽、上海复旦大学生命科学学院教授李辉以及中科院院士金力。该研究从不同视角对表观遗传信息的继承性进行了探索研究,为破解表观遗传之谜提供了很好的基础,具有重要意义。Y染色体的表观修饰的稳定性和保守性也从另一层面揭示了Y染色体DNA甲基化在人类男性遗传进化过程中的重要作用,其在几万年的进化时间内甲基化的保守性可以与钻石的恒久性相媲美。相关研究成果以Epigenetic Pattern on the Human Y Chromosome Is Evolutionarily Conserved 为题发表在PLoS One 杂志上。该研究得到中科院战略性先导专项、科技部重点基础研究发展计划(“973”计划)、国家自然科学基金等项目的资助。

日期:2016年2月2日 - 来自[技术要闻]栏目

南京大学首席科学家Cell子刊揭示表观遗传修饰酶的新功能

来自南京大学、德克萨斯大学西南医学中心的研究人员证实,HDAC3在核心昼夜节律负反馈环中发挥两种不同的作用,这对于生物钟功能至关重要。相关研究工作发表在1月14日的《Cell Reports》杂志上。

科技部重大项目研究计划首席科学家、南京大学的徐璎(Ying Xu)教授,以及德克萨斯大学西南医学中心的刘一(Yi Liu)教授是这篇论文的共同通讯作者。

组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylase,HDAC)是一类蛋白酶,对染色体的结构修饰和基因表达调控发挥着重要的作用。一般情况下,组蛋白的乙酰化有利于DNA与组蛋白八聚体的解离,核小体结构松弛,从而使各种转录因子和协同转录因子能与DNA结合位点特异性结合,激活基因的转录。在细胞核内,组蛋白乙酰化与组蛋白去乙酰化过程处于动态平衡,并由组蛋白乙酰化转移酶(histone acetyltransferase, HAT)和组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylase, HDAC)共同调控。HDAC3是近年来研究比较热的一类组蛋白去乙酰化酶。

2012年,来自宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院的研究人员在小鼠实验中证实HDAC3缺失会导致严重的脂肪肝,但同时也能降低血糖由此保护小鼠防止葡萄糖耐受性不良和胰岛素抵抗。相关论文发布在《自然医学》(Nature Medicine)杂志上(延伸阅读:Nat medicine:肝脏代谢的关键调控因子)。

2013年,来自宾夕法尼亚大学Perelman医学院糖尿病、肥胖和代谢研究所主任Mitchell A. Lazar博士领导的一个研究小组,发现HDAC3与另一种蛋白的特异区域发生互作是HDAC3酶活性的必要条件,他们将这一特殊区域命名为去乙酰化酶激活结构域(Deacetylase Activating Domain,DAD)。发现这一“螺母和螺栓”对于个体基因组的表观遗传调控作用,对于癌症和神经疾病治疗具有重要意义(延伸阅读:Nature子刊解析表观遗传微调开关 )。

2013年,宾夕法尼亚大学Perelman医学院的微生物学副教授David Artis及同事们在《自然》(Nature)杂志上报告称,组蛋白脱乙酰基酶3(HDAC3)是维持适当肠完整性的一个重要介质,在存在友好细菌的情况下发挥功能(延伸阅读:Nature解析疾病与表观遗传调控开关)。

去年,来自复旦大学的研究人员证实HDAC3是PGK1的去乙酰化酶。胰岛素及mTOR信号通路调控了HDAC3介导的PGK1去乙酰化及激活(延伸阅读:复旦管坤良、熊跃、叶丹联合发布表观遗传新成果 )。

在核心的哺乳动物昼夜节律负反馈环中,BMAL1-CLOCK复合物激活了Period (Per)和Cryptochrome (Cry)基因转录。为了关闭这一负反馈环,PER-CRY复合物与BMAL1-CLOCK复合物互作抑制了它的活性。这两个过程短暂独立确保了生物钟功能。在这篇Cell Reports文章中,南京大学的研究人员证实HDAC3通过一种去乙酰化酶活性非依赖性方式调控一些激活和抑制过程,充当了这一昼夜节律负反馈环的关键组成元件。

遗传耗尽HDAC3可导致低振幅的昼夜节律,抑制E-box驱动的转录。在早上,HDAC3调控了BMAL1稳定性,是有效转录激活过程的必要条件。在晚上,HDAC3阻断了FBXL3介导的CRY1降解,强有力地促进了BMAL1和CRY1结合。

这些研究结果表明,HDAC3通过在这一负反馈环的一些激活和抑制过程中发挥两种相反且短暂独立的功能,实现了昼夜节律基因强有力表达。

日期:2016年1月21日 - 来自[技术要闻]栏目
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著名学者庄小威Nature发布重要表观遗传发现

来自哈佛大学及麻省理工学院的研究人员称,她们采用超分辨率成像揭示出了不同表观遗传状态的独特染色质折叠。这一重要的成果发布在1月13日的《自然》(Nature)杂志上。

论文的通讯作者是著名的华人女科学家庄小威(Xiaowei Zhuang)。庄小威早年毕业于中国科技大学少年班,34岁时成为了哈佛大学的化学和物理双学科正教授,是哈佛物理系和化学系少有的双科教授。2012年庄教授当选为美国国家科学院院士,刷新了美国科学院最年轻华人院士的纪录。她所研发的超高分辨率技术STORM与诺奖得主Eric Betzig的成果不相伯仲,却和2014年的诺贝尔化学擦肩而过(延伸阅读:著名学者庄小威Cell发布突破性技术 )。

多方的证据表明,千碱基至兆碱基尺度上的染色质空间组织对于基因组功能至关重要。基因、基因簇及调控结构域的大小都在这一范围内;此外,相隔这一距离范围的基因组元件相互之间的物理互作对于基因活性起重要作用。

近期的高通量染色质构象捕获研究揭示,单条染色体被分割成长度在数十千碱基(kb)到数兆碱基(Mb)之间的接触结构域或拓扑相关结构域,这种结构组织有可能与各种基因组功能相关。此外,也有人将染色质分割为以生物化学修饰和DNA结合蛋白为特征的不同表观遗传状态结构域。然而,目前对于这些不同表观遗传状态间的染色质三维(3D)组织差异却不是很清楚。

在这篇Nature文章,庄小威与同事们采用超分辨率成像调查了不同表观遗传状态的染色质3D组织。她们在果蝇中将基因组结构域分为转录活化、转录失活或多梳(Polycomb)抑制三种不同的状态,并观察了每种状态的不同染色体组织。

研究人员发现三种类型的染色质结构域三维物理尺寸和结构域长度之间均显示幂次(power-law)缩放比例,但每种类型具有不同的缩放指数。多梳抑制结构域显示最密集的包装及最有趣的染色质折叠特性:染色质包装密度随结构域长度而增加。不同于转录活化和转录失活染色质显示相似的组织,多梳抑制结构域内染色质高度地混杂在一起。并且,相比于失活结构域,多梳抑制结构域在空间上更大程度排斥邻近的活化染色质。计算模拟和敲低实验表明,多梳家族蛋白(Polycomb-group protein)介导的可逆性染色质互作,对这些抑制染色质的独特包装特性起重要作用。

新研究利用超分辨率图像揭示出了Kb-Mb尺度上不同表观遗传状态的独特染色质包装。研究结果表明,表观遗传因子不仅将基因组划分成为了具有不同生物化学特性的独特一维结构域,还可以塑造这些结构域的三维纳米级结构,这有可能与一些生物化学特性一起发挥作用调控了基因表达。

日期:2016年1月19日 - 来自[技术要闻]栏目

华大基因与美国ArcadiaBiosciences合作共建全球水稻非转基因遗传资源数据库

 近日,全球最大的基因组学研发机构华大基因(BGI)与美国农业技术公司Arcadia Biosciences宣布合作共建水稻遗传资源数据库,以推进世界粮食作物的研究和发展。

 

为推进全球水稻育种,华大基因和Arcadia将联合对百万个水稻新基因位点进行测序和分析。此次合作主要涉及Arcadia自有的5000个高密度变异的籼稻突变株系。此外,Arcadia还建立了其它主要作物的非转基因遗传资源库,如大豆、小麦、油菜籽以及蔬菜作物等。

 

此次合作将充分利用华大基因全球领先的基因组测序能力和Arcadia的水稻遗传资源及高通量筛选平台。所有的株系均为非转基因,全球水稻研究者将能直接应用这些丰富的新遗传资源到研究和育种工作中,以培育更高产的水稻品种。

 

华大基因将对这5000个高密度变异的籼稻突变株系进行基因组测序,并在线公开组装和分析数据。由华大基因组建及运营的深圳国家基因库将负责保存这些种子并将其分布给需要的研究人员,相对应的,研究员需公开其利用这些种子所获得的研究成果。  

“这些共享的成果将促进水稻品种的培育,进而扩展到其他主要粮食作物中。”Arcadia总裁及首席执行官Eric Rey说,“为了保障全球粮食安全,应对人口增长、土地资源短缺以及气候变化对粮食产量的影响,我们将世界主要的遗传研究基地和育种工作者进行了高效的整合,使得育种家可以将这些知识进行实际应用。”

 

华大基因研究院副院长刘心表示,“水稻是中国的主要作物,也是近世界半数人口的主食,是华大基因重要的研究对象。通过大规模的研究来发现优良性状的新基因位点,对于了解遗传多样性及优良品种的基因功能至关重要。我们也鼓励建立一个全球公开的水稻基因组数据库,促进水稻的改良。我们希望未来将这些工作扩展到其他重要作物,如小米,大豆,玉米和小麦。”

 

水稻是世界最有价值的作物,全球种植面积超过3.95亿英亩,价值高达4293亿。水稻对于全球半数以上的人口来说至关重要。Arcadia已与美国国际发展署(USAID)合作了多个水稻育种项目,与孟加拉国、哥伦比亚、加纳、印度、印度尼西亚和乌干达等国的育种工作者合作提高当地的水稻产量。

日期:2016年1月19日 - 来自[技术要闻]栏目
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甘蓝型黄籽油菜遗传机理与新品种选育—— “量身定制”让油菜质更优

 众所周知,菜油在川菜中扮演着十分重要的角色。传统的菜籽油是黑褐色的,上个世纪80年代开始,清澈透明、色泽金黄的色拉油、调和油开始进入千家万户的厨房。然而,比起传统的菜籽油,它们似乎总是缺点风味。如果有一种油,能够兼备菜籽油的清香和色拉油的清澈,该多好!

事实上,由西南大学牵头完成,并获得2015年度国家科技进步奖二等奖的“甘蓝型黄籽油菜遗传机理与新品种选育”项目,就为人们带来了这样的食用油。1月11日,该项目负责人、西南大学农学与生物科技学院教授李加纳为记者揭秘了他们通过28年研究,对油菜进行“量身定制”的奥秘。

改良油菜基因,打造“优良血统”

“菜籽油好吃不好看,加工成色拉油后,却好看不好吃,解决这个问题的关键是改良油菜的遗传基础。”

李加纳解释道,油菜根据原产地不同,可分为白菜型、芥菜型和甘蓝型三种,前两者有部分黄籽品种,油色较黄,油质较高,但产量偏低。甘蓝型油菜产量高,应用面积大,但油色偏黑,油质差。

过去生产上广泛应用的甘蓝型油菜中,并没有天然黄籽,也就不可能榨出好看的黄色菜油。为此,项目组采用传统安全的育种方法,从白菜型油菜、芥菜型油菜、埃塞俄比亚芥、甘蓝4种植物中提取黄籽基因,获得了携带黄籽基因的甘蓝型黄籽油菜。这种油菜不但菜籽鲜黄、出油量和产量高,还具备遗传稳定性,奠定了此后育种和遗传研究的基础。

更令人欣喜的是,近年来,项目组又发现了3个黄籽油菜的新基因,它们控制着黄籽油菜的色素合成,是对其他基因发号施令的“总司令”。找到它们并加以控制,就能得到各种新的黄籽油菜品种。李加纳说,这就好比对油菜的“血统”进行了一次全面的提升。

运用分子标记技术选育“全能油菜”

然而,仅仅改良油菜的菜籽颜色是远远不够的。油菜也和其他作物一样,面临着病虫害、大风等威胁,能不能选育一种既高产、又抗病,还抗风吹不易倒的“全能油菜”呢?

项目组采用了先进的分子标记技术。植物中是否带有高产优质抗病抗倒伏等优良基因用肉眼无法判断,但可以在这些优良基因的附近找到一些特殊的标记,通过仪器检测,就能知道某一个油菜植株是否带有这些优良基因。

李加纳介绍,优良基因标记就像一张进入油菜选育科研的“入场券”。一旦在油菜植株上发现这个标记,就意味着这个植株具备以上优点。对这样的植株有意识地进行优先选育,就能更快更有效地产生具备更多优点的油菜新品种。

事实证明,项目组的思路是正确的。他们将传统育种方法与分子标记技术结合,利用前期育成的100多种黄籽油菜新材料,建立了聚合育种技术体系。于是,具备黄籽、高产、高含油量、抗病抗风吹、高配合力等优点的甘蓝型黄籽油菜新品种“宁油10号”、“渝黄1号”、“渝黄2号”和“渝黄4号”相继问世。

甘蓝型黄籽油菜“浑身是宝”

李加纳告诉记者,目前,上述4个甘蓝型黄籽油菜新品种均已通过国家审定,并大规模推广种植。其中,云贵川渝地区主要种植“渝黄1号”和“渝黄4号”,湖南、湖北等地种植“渝黄2号”,江浙一带则多种植“宁油10号”。

“甘蓝型黄籽油菜不仅产量高、油质量好,还‘浑身是宝’。”李加纳说,甘蓝型黄籽油菜的菜籽饼(即油菜榨油后留下的副产品)可以制成家禽、家畜的饲料。由于这种油菜饼的营养含量高,在饲料市场上也很受欢迎。

因为这些优点,甘蓝型黄籽油菜的“身价”也跟着往上涨。据统计,甘蓝型黄籽油菜和菜籽饼的市场均价比黑籽油菜高出20%以上。李加纳表示,目前甘蓝型黄籽油菜应用面积已达9370.8万亩,为农户增收72亿元以上,企业增效37.9亿元以上。

日期:2016年1月15日 - 来自[技术要闻]栏目

武汉植物园在高羊茅耐高温功能性状和遗传多样性研究中取得进展


高羊茅耐热性和遗传背景间的关系

植物功能性状主要包括生理和表型性状,在适应逆境胁迫中呈现较大遗传多样性。植物丰富的功能性状多样性为培育极端耐逆新品系提供了材料基础。高羊茅(Festuca arundinacea)又名苇状羊茅,隶属禾本科,是主要的冷季型牧草和草坪草,在我国北部及长江流域气候过渡区广泛建植应用。高羊茅地上部最适宜生长温度是15-24 ℃,高温胁迫已成为高羊茅在我国南方地区发展的主要限制因子。

中国科学院武汉植物园博士孙小艳在研究员傅金民的指导下,以课题组收集的来源于不同生境的100份高羊茅种质为试验材料,进行温室和培养箱两轮高温,构建耐高温功能性状数据库,结果表明100份高羊茅种质耐热功能性状呈现很高的多样性,其中相对生长速率PRGR在栽培种质群体中的变异系数达64.22%(P<0.001),而在非洲、亚洲和美洲野生群体中的变异系数均高于50%(P<0.05)。相对蒸腾速率PRET在亚洲、欧洲和非洲群体中也呈现较高的多样性,其变异系数均高于46.19%。通过因子分析(FA)和主成分分析(PCA)构建了2个回归数学模型F=0.54×F1+0.28×F2+0.18×F3(培养箱试验)和F=0.65×F1+0.35×F2(温室试验),并鉴定出耐热高羊茅种质5份。利用SSR分析标记技术对其进行遗传多样性分析,结果表明相对于其它群体,非洲群体呈现最高的遗传多样性,其中Nei’s gene diversity 为0.2640),PIC 为0.2112。该研究还对高羊茅遗传关系和其耐热性进行相关分析,发现耐热能力接近的材料其遗传关系也较近。

该研究获得国家自然科学基金(Grant #: 31470363; 31201653)和美国农业部农业研究院 (USDA-ARS)的支持。研究结果以Comparative study of diversity based on heat tolerant-related morpho-physiological traits and molecular markers in tall fescue accessions为题,在国际期刊Scientific Reports上在线发表(doi: 10.1038/srep18213)。

日期:2016年1月6日 - 来自[技术要闻]栏目
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天津医科大学PNAS发布表观遗传新发现

来自天津医科大学、哈佛医学院的研究人员证实,Ezh2通过组蛋白甲基转移酶活性调控了自然杀伤细胞(NK细胞)的分化和功能。这一研究发现发布在12月14日的《美国国家科学院院刊》(PNAS)上。

天津医科大学的王玺( Xi Wang)教授,美国科学院院士Harvey Cantor,及哈佛医学院的Jianmei W. Leavenworth博士是这篇论文的共同通讯作者。

NK细胞是除了T,B淋巴细胞外的第三大淋巴细胞,担负着机体抗病毒,抗肿瘤和抗异源移植物的重任,这群细胞可以在不受外界“致敏”(priming)的情况下自发杀死机体不想要的异常细胞,因此,NK细胞数量和功能异常与肿瘤和持续性病毒感染的发生密切相关。通过自体过继回输体外活化的肿瘤患者NK细胞,治疗恶性肿瘤已经获得良好的治疗效果。因此,研究NK细胞发育分化和活化机制将有助于体外扩增该群细胞,便于临床治疗(延伸阅读:院士权威期刊:肿瘤免疫疗法新靶点 )。

表观遗传学涉及到DNA甲基化、组蛋白修饰、染色体重塑和非编码RNA调控等内容,其中的组蛋白修饰包括组蛋白的乙酰化、磷酸化、甲基化、泛素化及ADP核糖基化等。组蛋白的翻译后修饰不仅与染色体的重塑和功能状态紧密相关,而且在决定细胞命运、细胞生长以及致癌作用的过程中发挥着重要的作用。研究证实,多能前体细胞一些关键谱系特异性基因位点的组蛋白修饰状态发生改变可以影响细胞命运定型。但目前尚不清楚这些表观遗传机制对NK细胞谱系决定的影响。

在这篇文章中,研究人员调查了组蛋白甲基化抑制标记物(H3K27me3)对早期NK细胞分化的影响。组蛋白-赖氨酸N-甲基转移酶EZH2作为重要的表观遗传修饰酶,是PcG(Polycomb group)蛋白家族的重要成员之一,在调控基因表达的过程中起关键作用。EZH2主要对组蛋白H3K27进行甲基化,从而沉默下游基因。它在细胞增殖、 分化及肿瘤形成方面都有重要作用。

研究人员证实选择性丧失Ezh2,或用小分子抑制它的酶活性可出乎意外地促进小鼠和人类造血干细胞及祖细胞生成IL-15受体(IL-15R) CD122+ NK前体细胞和成熟的NK后代细胞。机制研究揭示,促进NK细胞扩增及对肿瘤细胞的细胞毒性作用与CD122和C型凝集素受体NKG2D上调有关。并且,NKG2D缺陷可削弱Ezh2抑制剂对 NK细胞定型的积极影响。

鉴别出Ezh2对NK细胞谱系特化和功能的贡献,揭示出了调控NK细胞发育的一个新表观遗传机制,并为将Ezh2抑制剂临床应用于以NK细胞为基础的癌症免疫治疗提供了一些重要的见解。

作者简介:

王玺

天津医科大学教授,中美淋巴肿瘤诊治中心实验室首席科学家,博士生导师,主要研究从造血干细胞到淋巴细胞定向分化、发育、活化、以及癌变等过程中表观遗传调控的分子机制。曾受邀担任Nature Medicine,Journal of Clinical Investigation, Plos One等杂志的审稿人。

日期:2015年12月18日 - 来自[技术要闻]栏目
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