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遵义汉族人群HLA-DQB1等位基因多态性研究

来源:中华中西医杂志 作者:冯继红,孙万邦,罗军敏,李维宏,黄学贵,张忆雄 2006-12-18
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摘要: 遵义汉族人群HLA-DQB1等位基因多态性研究(pdf) 【摘要】 目的 从基因水平调查遵义汉族人群HLA-DQBl等位基因频率,并了解其多态性分布状况。方法 应用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)方法对遵义汉族109名健康人群进行等位基因分型。结果 检出14个HLA-DQB1等位基因,遵义汉族人HLA-DQB1等位基因频率分布为HLA-DQB1 *......


  遵义汉族人群HLA-DQB1等位基因多态性研究(pdf)

   【摘要】  目的  从基因水平调查遵义汉族人群HLA-DQBl等位基因频率,并了解其多态性分布状况。方法  应用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)方法对遵义汉族109名健康人群进行等位基因分型。结果  检出14个HLA-DQB1等位基因,遵义汉族人HLA-DQB1等位基因频率分布为HLA-DQB1 *0303> *0301> *0601> *0502> *050301=*0401> *0201 > *0302> *050101=*0202> *0602> *0402=060401> *0609。结论  得到了遵义汉族人HLA-DQB1等位基因频率分布的可靠资料,为我国疾病相关性研究、人类学研究提供了可靠的遗传学数据。

    【关键词】  遵义;HLA-DQBl;基因频率;聚合酶链反应-序列特异性引物

     Research of HLA-DQB1 gene polymorphism on the Hans of Zunyi

    FENG Ji-hong,SUN Wan-bang,LUO Jun-min,et al.Zhuhai Campus of Zunyi Medical College,Guangdong Zhuhai 519041,China

    【Abstract】  Objective  To research HLA-DQB1 allele frequency and polymorphism in the Hans of Zunyi area at gene level.Methods  Polymerase chain reaction-sequence specific primers (PCR-SSP) were used to type HLA-DQB1 gene polymorphism of 109 unrelated healthy Han individuals of Zunyi area.Results  We inspected 14 alleles of HLA-DQB1and a series of gene frequency(GF)distribution was obtained as following: HLA-DQB1 *0303> *0301> *0601> *0502> *050301=*0401> *0201> *0302> *050101=*0202> *0602> *0402=060401> *0609.Conclusion  This study has obtained a reliable data of HLA-DQB1 allele frequency distribution in the Hans of Zunyi area,which may be of significance in the studies on population genetics and disease association.

    【Key words】  Zunyi;HLA-DQB1;gene frequency;polymerase chain reaction-sequence specific primer

    随着分子生物学技术和现代免疫学的迅猛发展,人类白细胞抗原 (human leukocyte antigen,HLA)系统的研究工作也在不断的深入发展,其研究范围已远远超出了器官移植领域而成为免疫学、遗传学、人类学及疾病发生学等学科的重要组成部分。许多研究表明HLA系统是人类的遗传标志,不同种族、同一种族不同地域HLA基因分布存在差异。因此,对某一区域某一人群的HLA基因多态性进行研究将可对有关人类学及地方多发疾病的研究提供更为翔实的资料[1]。目前国内已有关于南北方汉族及少数民族等局部区域人群HLA-DQB1等位基因分布的文献报道[2~6],但有关遵义汉族人群HLA-DQB1等位基因分布情况尚未见报道。为了解遵义地区汉族人群体的HLA-DRB1基因多态性,我们采用了聚合酶链反应-序列特异性引物(polymerise chain reaction-sequence specific primers,PCR-SSP)[7]技术对109名遵义汉族健康无关人群的HLA-DQB1位点进行基因分型。

    1  材料与方法

    1.1  样本  随机抽取109名遵义汉族健康人全血,静脉采血5ml,EDTA抗凝保存备用。

    1.2  基因多态性分析

    1.2.1  基因组DNA制备  采用PEL-FREEZ SSP DNA抽提试剂盒,DNA浓度在50~150ng/μl,纯度(A260/A280)在1.6~1.8之间。

    1.2.2  PCR-SSP分型  采用PEL-FREEZ PCR-sSP(美国产)试剂盒,按照试剂盒要求操作。扩增条件为:96℃预变性lmin;96℃25s,70℃50s,72℃45s循环5次;96℃25s,65℃50s,72℃45s循环21次;96℃25s,55℃60s,72℃120s循环4次,取6μl PCR产物经2%琼脂糖凝胶电泳(EB)染色后紫外线灯下观察结果,根据特异性扩增条带判读结果。

    1.3  统计分析和频率计算  采用统计学频率计算方法得到各等位基因的基因分布频率(allele frequency,AF);比较数据均经四格表资料的χ2检验方法处理,根据自由度v=1及χ2值查χ2界值表得到P值,P<0.05为差异有统计学意义。

    2  结果

    2.1  109例遵义汉族人HLA-DQB1座位的等位基因数量及基因频率  检测的109个样本中共含205个等位基因,其中杂合的等位基因型96人份,纯合的等位基因型13人份。HLA-DQB1等位基因共检测到14个等位基因。经过频率计算和统计学分析,遵义汉族人HLA-DQB1等位基因频率分布为HLA-DQB1 *0303> *0301> *0601> *0502> *050301=*0401> *0201> *0302> *050101=*0202> *0602> *0402=*060401>*0609。结果见表1。表1  109例遵义汉族人HLA-DQB1座位的 等位基因数量及基因频率
    2.2  遵义汉族人与华南、华北人群HLA-DQB1等位基因频率分布  比较遵义汉族人HLA-DQB1各等位基因分别与华南、华北地区人群的相应基因频率[8]比较:与华南人群比较,HLA-DQB1 *04基因频率分布差异有统计学意义(P<0.05);与华北人群比较,HLA-DQB1 *02、HLA-DQB1 *0303、HLA-DQB1 *04、HLA-DQB1 *0602基因频率分布差异有显著性(P<0.05)。结果见表2。表2  遵义汉族人与华南、华北人群HLA-DQB1等位基因频率分布比较注:为方便比较,对遵义汉族HLA-DQB1*部分基因(表中带#号的等位基因)数据进行合并(如0201、0202合并为02);带※号的数据表示与遵义汉族人HLA-DQB1相应基因频率比较其P值小于0.05,差异有显著性

    3  讨论

    HLA复合体位于人类染色体6p21.3,是迄今已知的多态性最高的人类遗传系统[9]。近年来对不同地区HLA-DQA1、-DQB1等位基因多态性研究屡见报端。目前尚未发现关于包括遵义地区在内的贵州人群HLA-DQB1基因多态性的文献报道。本课题采用聚合酶链反应-序列特异性引物技术,对遵义地区109名汉族人群进行了HLA-DQB1等位基因多态性研究。研究结果显示,检测到HLA-DQB1等位基因为14个,HLA-DQB1 *0303和0301型是该地区基因频率分布较高的等位基因,各等位基因分布顺序由大到小依次为:0303,0301,0601,0502,050301(=0401),0201,0302,050101(= 0202),0602,0402(= 060401),0609;其对应的基因频率依次为:0.3853,0.3578,0.2752,0.1284,0.1193,0.1101,0.1009,0.0734,0.0642,0.0275,0.0183。

      王晖等[9]采用聚合酶链反应-序列特异性引物+序列特异性核苷酸探针芯片检测技术,对700名南方地区的中国人和320名北方地区的中国人进行基因分型,鉴定了10个HLA-DQB1 等位基因。将遵义汉族人HLA-DQB1各等位基因分别与华南、华北地区人群的相应基因频率进行比较发现:与华南人群比较,HLA-DQB1 *04基因频率分布差异有统计学意义(P<0.05);与华北人群比较,HLA-DQB1 *02、HLA-DQB1 *0303、HLA-DQB1 *04、HLA-DQB1 *0602基因频率分布差异有显著性(P<0.05)。与华北相比,遵义汉族人HLA-DQB1等位基因频率相对接近于华南,这与其地域分布相吻合,据此可推测遵义汉族属于南方汉族群体;与华南、华北比较,HLA-DQB1 *04基因频率在遵义汉族人群中分布相对较高,另外,我们还检测到了HLA-DQB1 *0609这个低频基因,这说明遵义汉族人HLA-DQB1等位基因频率分布具有地域特征性。

    本研究采用PCR-SSP基因分型技术,初步对我国贵州省遵义地区汉族人群进行了HLA-DQB1等位基因检测,为我国群体多态性研究、人类学研究、疾病相关性研究以及建立骨髓库等提供了有价值的科学遗传依据。

    【参考文献】

    1  罗一鲁,许婉华,周琳,等.应用PCR-SSP方法分析部分中国南方汉族人群HLA-DQB1位点等位基因的多态性.实用医学杂志,2004,20(11):1242-1243.

    2  Gong FL,Xiong P,Yang ZZ,et al.An investigation of the polymorphism of HLA class Ⅱalleles in the Han population in Hubei province of China.Chin J Med Genet,1999,16:216-219.[龚非力,熊平,杨志章,等.中国湖北汉族HLA-Ⅱ类等位基因频率的群体调查.中华医学遗传学杂志,1999,16:216-219.]

    3  Ye GY,Kong FH,An JB,et al.Investigation in HLA of 430 Han nationality individuals in north China.Chin J Immunol,1988,9:420-421.[叶根耀,孔繁华,安家滨,等.我国北方地区430名汉族人群的HLA联合调查.中国免疫学杂志,1988,9:420-421.]

    4  Wen GS,Huang YK,Hao P,et al.Analysis of HLA-DRB1,DQB1 allele polymorphism in the Kunming Yi nationality population.Chin J Med Genet,2004,21:522-523.[文革生,黄永坤,郝萍,等.昆明彝族人群HLA-DRB1、DQB1基因多态性.中华医学遗传学杂志,2004,21:522-523.]

    5  陈为民,黄洪莲,刘泽寰,等.用PCR-SSO方法研究云南西部彝族HLA-DQB1基因多态性.遗传学报,2001,28(2):107-114.

    6  袁宝军,单晓燕.河北省唐山地区汉族人HLA-DRB1*、DQB1*基因多态性分析.中华医学遗传学杂志,2002,19(4):365.

    7  Zhang F,Hu S W,Huang J,et al.Oligonucleotide microarray for HLA-DRB1 genotyping:preparation and clinical evaluation.Tissue Antigens,2005,65:467-473.

    8  王晖,武大林,申啊东,等.华南、华北人群HLA-DQB1 等位基因多态性.中华医学遗传学杂志,2006,23(2):238-239.

    9  Marsh ED,Albert,WF.Nomenclature for factors of the HLA system.2004.Tissue Antigens,2005,65:301-369.

    *基金项目:国家自然科学基金资助项目(项目号:30360099)

    作者单位:1 519041 广东珠海,遵义医学院珠海校区(Δ通讯作者)

    2 563003 贵州遵义,遵义医学院 免疫学教研室

  (编辑:张  彦)


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